Tyrkene erobret øya i 1556 uten motstand. Innbygerene av Chios beholdt sine rettigheter og eiendommer. Mastiken ble send til Sultannen. Franskmennene og Venetierene prøvde å befri øya, men mislyktes.

Chios utviklet i løpet av det 19. århundre kulturele og ekonomiske aktiviteter. Skolen av Chios ble stiftet i denne periode. Den greske uavhengihetskrig kom til Chios i 1822.

Dette førtte til en reaksjon fra tyrkerene. Da den tyrkiske flåte kom til Chios var Admiralen fast bestemt om å gi "rebellene" en lærepenger. På to uker drepte, plyndret og brandt ned alt de kom over. Flere en 25.000 mennesker ble drept. Denne barbariske gjerning ledet til stor kritikk fra mange land men Chios ble under tyrkisk herredømme. Det samme året klarte Kostandinos Kanaris å senke det tyrkiske flaggeskip. Det tok til 1912 før Chios endelig ble befrid og ble del av den greske stat.