In 1556 ist die Insel ohne Kämpfe in türkische Hände gefallen. Die Einwohner von Chios durften die meisten ihrer Privilegien und Eigentümer behalten.Es gab Befreiungsversuchen von den Franken und Venezianern, aber ohne Erfolg. Der Mastic und die Süssigkeiten die daraus hergestellt wurden, wurden vom Harem des Sultans sehr geschätzt. Auch die Seidenproduktion sorgte für Wohlfahrt.

Während des 18. Jahrhunderts entwickelte Chios Wirtschaftliche ein kulturelle Aktivitäten. Die Schule von Chios wurde in dieser Periode errichtet. Der Griechische Unabhängigkeitskrieg erreichte die Insel in 1822.

Dies hat eine Reaktion der Türken verursacht. Als die türkische Flotte die Insel erreicht hat, wollte ihr Admiral den "Rebellen" eine Lektion erteilen. Während zwei Wochen haben die Türken alles was Ihnen auf den Weg kam zerstört und getötet. Mehr als 25.000 Einwohner haben damals ihr Leben verloren. Diese große Barbarei hat die meisten Nationen empört aber Chios ist türkisch geblieben. Kostandinos Kanaris hat das türkische Kommandoschiff im gleichen Jahr zum sinken gebracht. Es hat jedoch bis 1912 gedauert bis Chios endlich befreit wurde und Teil des Griechischen Staates geworden ist.